Organy składają się z instrumentu głównego i pozytywu. Instrument główny zbudowany jest na całej ścianie zachodniej, wbudowany między dwa podłużne okna. Pozytyw z wieżyczkami, na których stoją anioły z fanfarami, wpisany jest w balustradę chóru. Już w tamtych czasach organy Mosengela zaliczano do najlepszych instrumentów. Bogato zdobiona szafa zewnętrzna organów świętolipskich należy do najlepszych wzorców prospektów barokowych.