Barokowe wnętrze katedry świętego Jana zaskakuje ogromną ilością zdobień w porównaniu z zewnętrznymi surowymi murami.



Sklepienie pokryte jest malowidłami Mattia Preti, przedstawiającymi sceny z życia patrona zakonu - św. Jana Chrzciciela. Dzieło wykonane w ciągu pięciu lat(od 1661 roku) należy do najwspanialszych osiągnięć malarstwa baroku.



Pod posadzką w świątyni spoczywają rycerze, tylko najznakomitsi z nich mogli ubiegać się o grób tutaj. Leży ich 364, pierwszy złożony został w roku 1602.



W krypcie pod główną nawą złożono ciała 12 wielkich mistrzów.