Dużą część dolnego kościoła zajmuje kaplica dedykowana 108 Męczennikom II wojny światowej. Na jej ścianach umieszczono portrety błogosławionych wyniesionych na ołtarze przez Jana Pawła II podczas Mszy św. beatyfikacyjnej w dniu 13 czerwca 1999 r. w Warszawie. W ołtarzu kaplicy umieszczony jest obraz przedstawiający Chrystusa wśród 108 Męczenników. Obraz ten towarzyszył uroczystości beatyfikacyjnej w Warszawie.